rootkit(ルートキット)というのは、基本システム(OS)の上で動作するプログラム (ワープロソフトからウイルスまで)としての禁じ手を使う手法を指します。 rootkit 自体はウイルスのように他のコンピュータに広まったりする機能はありません。 しかし、この rootkit は基本システム(OS)そのものを書き換えてしまう、 という暴挙に出て、ウイルスなどを見えなくしてしまいます。
Windows も MacOS も UNIX であっても、ハードディスクや CD-ROM 上にあるファイル一覧を見るときは、
Windows ならエクスプローラなどのファイルブラウザ、UNIX であれば ls コマンドなど、
なんらかのプログラムを使用します。

エクスプローラや ls コマンドは特定のディレクトリにある、
ファイルの一覧を表示するとき、
必ず基本システム(OS)に対して問い合わせをします。
通常、プログラムが直接、ハードディスクなどをアクセスすることはありません。
基本システムは問い合わせを受け、
ハードディスクにアクセスしてファイルやディレクトリの一覧をプログラムに回答します。
回答を受けたプログラムが、その結果をグラフィカルなツリー状に表示したり、
テキストで結果を表示したりします。
rootkit はウイルスによる感染や、製品に付いてくる機能として活動を開始します。 上記にある「禁じ手」というは、
基本システム(OS)を書き換えてしまうという点です。
rootkit によって書き直された基本システムは特定のファイルが見えなくなります。

このように基本システムに組み込まれた rootkit は、
ハードディスクアクセスから、都合の悪いアクセスを除外してしまいます。
こうされるとエクスプローラなどでは、特定のフォルダやファイルが見えなくなります。

この例では "printers" というフォルダが見えてしまうと、
この rootkit にとって都合が悪いので、一覧から除外しています。
rootkit は非常に重大な問題があります。
rootkit は単体では単にファイルを隠してしまったりするだけのものです。
しかし、rootkit とペア使われてウイルスなどを隠されてしまうと、
ウイルス対策ソフトが、問題のウイルスを発見できなくなってしまいます。
実際、そのようなウイルスは現在では多数発見されています。
また、2005年11月には米 SONY BMG が、 自社の音楽 CD をパソコンにコピーできないようにする著作権管理用のプログラムを音楽 CD に組み込みましたが、 このプログラムが rootkit の手法そのものを利用していたため、 消費者から訴えられ、製品の回収と多額の賠償を支払うことになりました (実際には音楽のダウンロードを可能にせざるを得なくなった)。
rootkit によって透明人間と化したウイルスは、 ウイルス対策ソフトにも見つからず、やりたい放題
そもそも、rootkit 自体、消費者が保有する Windows などの基本プログラムを 本人の承諾なしに書き換えてしまうこと自体、 米国でも日本でも法律違反であることは明確なのです。 それを自社の利益優先で実施してしまうのは大変重大な問題です。
このように、rootkit はウイルスだけに限らず、
特定のソフトウェアなどにも組み込まれてしまっている可能性があります。
そして、ほとんどの場合、利用者は組み込まれたことに気がつかず、
また、元に戻すことも不可能なことが多いです。
rootkit は組み込まれてしまうと発見することはかなり難しいです。
どのようなウイルスやソフトウェアに rootkit が使われているか、
ウイルスなら感染して rootkit を組み込まれる前に発見できるよう、
ウイルス対策ソフトの常日頃のアップデートが必要です。
ソフトウェアであれば、そのようなソフトウェアを使用しないという対策が必要です。
そして、そういった情報は各セキュリティの専門サイト
(IPA など)
を常にウォッチして奥必要があります。